汶川县中医医院成立于1987年，是一所集医疗、预防、教学、科研、养生、疗养、康复、保健于一体的具有中医药特色的二级甲等中医医院，是汶川县人民医院医共体成员医院。

医院位于汶川县水磨镇，占地9990平方米，建筑面积6488平方米。地震后于2011年从汶川县城搬迁到汶川县水磨镇，与水磨镇中心卫生院合并。2012年5月与汶川县人民医院组建为医疗集团。由汶川县人民医院实行“同院管理，共同发展”，三家医院实行“五不变”政策。2014年6月创建为阿坝州第一批国家“二级甲等”中医院，成为汶川南部区域医疗中心。医院服务覆盖汶川南部地区（卧龙、耿达、映秀、漩口、三江、水磨6个旅游乡镇）及阿坝师范学院。承担着汶川全县中西医结合医疗、继续教育、康复、保健、基层中医指导等工作，是医保定点医院。全镇下设18 个村，1个社区，有卫生室17个，村医35名。

汶川县中医医院共有医药护技各类专业技术人员98人，其中正高级1人、副高级10人、中级13人，初级45人。设置有门诊部、护理部、住院部、B超室、检验室、扶贫办、中西药房、收费室等。配备有全自动血细胞分析仪、电脑偏瘫治疗仪、牙科x射线机、全数字B超监视妇产科手术设备等医疗设备。设有内、外、妇、儿、口腔、康复、疼痛、骨伤、肛肠、老年病、治未病等临床科室18个，其中内科、外科、妇产科及儿科是医院的骨干科室，康复科、疼痛科、骨伤科、肛肠科、老年病科及治未病科是医院特色科室。